1977 წლიდან ქართველი სასულიერო და საზოგადო მოღვაწე. უწმიდესი და უნეტარესი, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი და მცხეთა-თბილისის მთავარეპისკოპოსი.
2010 წლის 21 დეკემბრის სინოდის სხდომის გადაწყვეტილებით, საქართველოს კათოლიკოს პატრიარქის ტიტულატურა შემდეგნაირად განისაზღვრა: უწმიდესი და უნეტარესი ილია II, საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი, მთავარეპისკოპოსი მცხეთა-თბილისისა და მიტროპოლიტი ბიჭვინთისა და ცხუმ-აფხაზეთის.
ილია II-მ დაამთავრა მოსკოვის სასულიერო აკადემია 1960 წელს. 1957 წელს ბერად აღიკვეცა და ილია ეწოდა;
1957 წლის 18 აპრილს სიონის საპატრიარქო ტაძარში ხელდასხმულ იქნა იეროდიაკვნად;
1959 წლის 10 მაისს წმიდა სერგის მონასტრის ლავრაში მღვდელმონაზვნად; სამშობლოში დაბრუნების შემდეგ დაინიშნა ბათუმის საკათედრო ტაძარში მღვდელმსახურად;
1961 წლის 19 დეკემბერს აღყვანილ იქნა იღუმენის, ხოლო 1961 წლის 16 სექტემბერს არქიმანდრიტის ხარისხში;
1963 წლის 26 აგვისტოს დაინიშნა კათოლიკოს-პატრიარქის ქორეპისკოპოსად;
1963-1972 წლებში იყო მცხეთის სასულიერო სემინარიის პირველი რექტორი; 1967 წელს გადაყვანილ იქნა აფხაზეთის ეპარქიაში;
1969 წელს აღყვანილ იქნა მიტროპოლიტის ხარისხში; 1977 წლის 9 ნოემბერს დადგინდა პატრიარქის მოსაყდრედ.
1977 წლის 23 დეკემბერს არჩეულ იქნა სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქად; ილია II-ის ლოცვა-კურთხევით თანამედროვე ქართულ ენაზე გამოიცა ბიბლია, საღვთისმეტყველო კრებულები, ბროშურები, წიგნები, ჟურნალები, სამი სახის კალენდარი; დაარსდა გაზეთები;
1988 წელს ილია II-ის თაოსნობით მცხეთის სასულიერო სემინარია გადმოიტანეს თბილისში და დაარსდა თბილისის სასულიერო აკადემია-სემინარია; საქართველოს სხვადასხვა კუთხეში გაიხსნა სასულიერო სასწავლებლები: ბათუმში, ახალციხესა და ქუთაისში სასულიერო სემინარიები.
ხულოში შეიქმნა სასულიერო სასწავლებელი და მასთან არსებული გიმნაზია; საუკუნეთა შემდეგ კვლავ აღდგა გელათის სასულიერო აკადემია და ეკლესიის ეგიდის ქვეშ მყოფი გელათის მეცნიერებათა აკადემია; ოცი წლის მანძილზე საქართველოს ეკლესიის ეპარქიათა რიცხვი 15-დან 33-მდე გაიზარდა; მონასტრებისა — 53-მდე; სასულიერო პირთა — 1000-მდე; მოხდა კანონიზირება ახალი წმინდანებისა; აშენდა წმინდა სამების სახელობის საკათედრო ტაძარი.
1960 წელს მოსკოვის სასულიერო აკადემიაში ღვთისმეტყველების კანდიდატის ხარისხის მოსაპოვებლად დაიცვა დისერტაცია თემაზე: „ათონის ივერიის მონასტრის ისტორია“. 1978-1983 წლებში იყო ეკლესიათა მსოფლიო საბჭოს პრეზიდენტი, ხოლო 1997 წლიდან არის გაეროსთან არსებული ინფორმატიზაციის საერთაშორისო აკადემიის ნამდვილი წევრი და კრეტის სასულიერო აკადემიის საპატიო წევრი. არის ნიუ-იორკის სასულიერო აკადემიის ღვთისმეტყველების საპატიო და აშშ-ის მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა ტიხონის საღვთისმეტყველო სემინარიის ღვთისმეტყველების დოქტორი. მონაწილეობდა მშვიდობის დაცვის რამდენიმე ფორუმში.
1989 წლის აპრილში თბილისში ადგილი ჰქონდა საპროტესტო მოვლენებს. 1989 წლის 9 აპრილს, გამთენიისას თბილისში, რუსთაველის გამზირზე, მთავრობის სასახლის წინამდებარე ტერიტორიაზე, საბჭოთა კავშირის სადამსჯელო სამხედრო ნაწილებმა მშვიდობიანი საპროტესტო აქცია დაარბიეს, რის შედეგადაც 21 ადამიანი დაიღუპა. მომიტინგეებთან მივიდა და მათ სიტყვით მიმართა ილია II-მ. 9 აპრილს ილია II-მ სიონის საპატრიარქო ტაძარში დაღუპულთა მოსახსენებელი პირველი პანაშვიდი გადაიხადა და მათ სამშობლოს თავისუფლებისათვის მსხვერპლად შეწირულები უწოდა.
2016 წლის 30 სექტემბრიდან-2 ოქტომბრის ჩათვლით, საქართველოს ეწვია რომის პაპი ფრანცისკე. მისი ვიზიტი საქართველოს პრეზიდენტისა და საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის მოწვევით შედგა. 30 სექტემბერს ფრანცისკე ესტუმრა ილია II-ს, სადაც ორივე მხარემ შესაბამისი სიტყვა თქვა. რომის პაპი ილია II-სთან ერთად ეწვია მცხეთას და მოინახულა სვეტიცხოვლის საკათედროს ტაძარი, რომელშიც საეკლესიო ტრადიციით უდიდესი ქრისტიანული საუნჯეები ინახება. საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქმა ილია II-მ რომის პაპის ვიზიტს ისტორიული უწოდა.
